Probablement originaires de Chine, les carrés magiques sont présents dans de nombreuses civilisations d'Asie et d'Europe. Ayant souvent un sens religieux, ils seront plus connus à partir des Arabes qui seraient, au Xe siècle, les premiers à les utiliser à des fins purement mathématiques.

Vers 1250 Ahmed El-Buni, originaire de la région de Annaba, leurs consacre une bonne partie de ses travaux.

À la Renaissance, le philosophe allemand Cornélius Agrippa (1486-1535), parle de nouveau des carrés magiques, avec une connotation religieuse, développé dans son traité De Occulta Philosophia où il expose une théorie mêlant astrologie et carrés magiques.

Simon de La Loubère, diplomate et mathématicien français, publie en 1691 le très célèbre Du Royaume de Siam et introduit pour la première fois dans la langue française le terme « carré magique » et expose ainsi une nouvelle méthode dite méthode siamoise, de construction applicable aux carrés d'ordre impair.

Au XVIIe siècle, le juriste et mathématicien français Pierre de Fermat étend le principe des carrés magiques aux cubes magiques. Bernard Frénicle de Bessy écrit quand lui un traité sur les carrés magiques (rédigé dans les années 1640 et qui sera publié à titre posthume en 1693) et des tables pour tous les carrés d'ordre 4.

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